Statens museer för maritim, transport- och försvarshistoria (SMMTF) leds av överintendent Lars Amréus.

Verksamheten vid SMMTF är organiserad i staben, museiområdet med museiavdelningar samt stödavdelningarna avdelningen för innehåll och kommunikation, avdelningen för samlingar och arkiv samt avdelningen för verksamhetsstöd.
Ledningsgrupp
Myndighetens ledningsgrupp består av överintendenten, stabschefen, chefen för museiområdet samt de tre stödavdelningscheferna:
- Lars Amréus, överintendent
- Pia Nyström, stabschef
- Sophie Nyman, chef för museiområdet
- Sofie Aspelin, tf avdelningschef, avdelningen för innehåll och kommunikation
- Cecilia Marnetoft, tf avdelningschef, avdelningen samlingar och arkiv
- Linda Norberg, avdelningschef, avdelningen för verksamhetsstöd
Överintendenten
SMMTF är en enrådighetsmyndighet. Överintendenten är chef för myndigheten och leder verksamheten.
Överintendent: Lars Amréus
Staben
Staben är framförallt en stödfunktion till överintendenten. Staben har även en servicefunktion samt en strategisk funktion för myndighetens ansvar för att fortlöpande utveckla verksamheten.
Stabschef: Pia Nyström
Avdelningen innehåll och kommunikation
Avdelningen stödjer myndigheten med kompetens inom sitt ansvarsområde.
Avdelningen består av tre enheter: enheten för forskning och kulturarv, kommunikationsenheten och utställningsenheten.
Tf avdelningschef: Sofie Aspelin
Avdelningen för samlingar och arkiv
Avdelningen stödjer myndigheten med kompetens inom sitt ansvarsområde.
Avdelningen består av sex enheter: enheten för arkiv och bibliotek, fartygsenheten, föremålsenheten försvarshistoria, föremålsenheten Sjöhistoriska, föremålsenheten transporthistoria samt föremålsenheten Vasamuseet.
Tf avdelningschef: Cecilia Marnetoft
Avdelningen verksamhetsstöd
Avdelningen stödjer myndigheten med kompetens inom sitt ansvarsområde.
Avdelningen består av fem enheter: ekonomi- och upphandlingsenheten, nheten för fastighets- och säkerhetsutveckling, enheten för museidrift, HR- och hållbarhetsenheten samt IT-enheten.
Avdelningschef: Linda Norberg
Museiområdet
Chef för museiområdet och bitr. överintendent: Sophie Nyman
Avdelningen Armémuseum
Armémuseum i Stockholm skildrar Sveriges historia från 1500-talet till nutid, med fokus på hur människor har påverkats av krig och konflikter.
Avdelningen består av museichef och publik- och pedagogikenheten.
Museichef: Fabian Arnheim
Avdelningen Flygvapenmuseum
Flygvapenmuseum i Linköping är ett teknik- och kulturhistoriskt museum med en unik samling militärflygplan, personberättelser och föremål, som speglar resan från flygets pionjärtid till nutidens JAS-plan.
Avdelningen består av museichef och publik- och pedagogikenheten.
Museichef: Anna Drotz
Järnvägsmuseet
Järnvägsmuseet i Gävle är Sveriges nationella järnvägsmuseum och berättar den svenska järnvägens historia.
Avdelningen består av museichef och enheterna publik- och pedagogikenheten samt tågtrafikenheten.
Museichef: Robert Sjöö
Avdelningen Marinmuseum
Marinmuseum i världsarvsstaden Karlskrona är Sveriges nationella museum för det svenska sjöförsvarets historia – från stormaktstiden till i dag.
Avdelningen består av museichef och publik- och pedagogikenheten.
Museichef: Johan Löfgren
Avdelningen Sjöhistoriska museet
Sjöhistoriska i Stockholm är ett museum för hela familjen med utställningar om människans relation till hav, sjö och kust genom historien.
Avdelningen består av museichef och publik- och pedagogikenheten.
Museichef: Mats Djurberg
Avdelningen Vasamuseet
Vasamuseet i Stockholm är ett av Skandinaviens mest välbesökta museer. Här finns det unikt välbevarade örlogsskeppet Vasa från 1628.
Avdelningen består av museichef och program- och pedagogikenheten och publikenheten .
Museichef: Jenny Lind
Avdelningen Vrak – Museum of Wrecks
Vrak – Museum of Wrecks i Stockholm lyfter berättelserna om Östersjöns världsunika kulturarv till ytan.
Museichef för Vrak: Odd Johansen